我国药物警戒实践探索历史悠久。我国医学典籍《黄帝内经》记载：“大毒治病、十去其六;常毒治病，十去其七;小毒治病，十去其八;无毒治病，十去其九”。《黄帝内经》“必齐毒药攻其中”等的“毒”均代指药，展现出药与毒的密切联系。在中药药物警戒历史中，“毒”的理解不是一成不变，存在与“药”相互转化的关系。例如，《景岳全书》提到“本草所云某有毒、某无毒，余则甚不然之，而不知无药无毒也”。《本草害利》提出的“凡药有利必有害”，所载的每一味药后均讲明其中的利与害。在中药警戒实践中，识毒、用毒、防毒、解毒是其精髓思想，是中药理论的基础。
随着我国化学药品制药工业的起步，20世纪50年代后期，我国开始在部分地区建立青霉素不良反应报告制度;70年代后期，我国开始研究建立药品不良反应监测制度;1989年，原卫生部在中国药品生物制品检定所成立药品不良反应监察中心;90年代，位于北京、天津等地的数十家医院成立药品不良反应监测站;1998年，我国加入世界卫生组织国家药物监测合作计划，成为第68个成员国;1999年，国家药品监督管理局药品不良反应监测中心成立;2000年，《药品管理法》提出“国家建立药品不良反应监测制度”;2004年，国家药品不良反应监测系统正式上线运行;31个省级药品监管部门陆续成立药品不良反应监测中心。
随着药品不良反应监测体系的逐步建立，监测系统的日臻完善，药品不良反应监测工作进入快速发展轨道。2017年，原国家食品药品监督管理总局加入国际人用药品注册技术协调会(ICH)。2017年10月，原国家食品药品监督管理总局发布《关于药品上市许可持有人直接报告不良反应事宜的公告》，为药物警戒制度的建立奠定了基础。
